Foi o último dos governadores, o que por mais longo tempo, durante trinta anos, exerceu o cargo e o que, nesse extenso período, maior soma de serviços prestou à cidade. Não se limitou a ação de Gomes Freire ao Rio de Janeiro. Pelos poderes de que foi investido, estendeu a sua atividade a todo o território meridional.
Construiu os novos Arcos da Carioca, que até hoje perduram, em substituição dos arcos velhos de Aires de Saldanha que se tinham revelado precários; edificou o Paço dos Governadores, depois dos Vice-Reis, Real e Imperial sucessivamente, que também subsiste como sede da Repartição dos Telégrafos; promoveu a construção do Convento de Santa Tereza, onde está sepultado, e a cujas freiras, a quem chamava de suas filhas, foi sempre muito dedicado; levantou no Terreiro do Carmo o chafariz que, posteriormente, foi removido por Luís de Vasconcelos; ampliou as obras de defesa da cidade; reformou a Casa da Câmara para nela instalar para nela instalar o Tribunal da Relação; iniciou a construção, depois abandonada, de uma catedral, a Sé Nova, no local onde hoje se acha a Escola Politécnica; deu inicio ao hospital dos lázaros, recolhendo os leprosos que vagavam pela cidade e duas casas que lhes destinou em uma chácara em São Cristóvão ; mandou reconstruir a Fortaleza da Ilha das Cobras; construiu a Fortaleza da Conceição, onde até hoje se acham localizados serviços do Exército; abriu ruas e estradas, construiu pontes e realizou muitas obras de melhoramento urbano. Em todos os trabalhos de construção que promoveu, serviu-se Gomes Freire dos serviços do Brigadeiro Alpoim, a quem já se fez alusão em páginas anteriores e que foi o seu braço direito. Nos serviços de administração propriamente, introduziu este governador normas e regulamentos para maior eficiência. Reorganizou as tropas da guarnição, formando-as em regimentos. Continuou a obra de Vaía Monteiro na repressão ao contrabando do ouro. Para melhor fiscalização, localizou os ourives da cidade numa só rua que deles tomou o nome. Restabeleceu a ordem no Campo dos Goitacases onde se esboçara um movimento de rebelião contra as autoridades. Conseguiu realizar a cobrança de novos tributos decretados pela Coroa e que a principio haviam provocado movimentos de protesto entre as populações de São Paulo e Minas. Decretada a expulsão dos jesuítas e confisco de suas propriedades, executou a medida com muito tatomas rigorosa precisão.
Na sua ausência foi interinamente substituído, nas diversas ocasiões, por Matias Coelho de Sousa, Patrício Manuel de Figueiredo e José Antônio Freire de Andrada, que prosseguiam com a continuidade de sua política.
Incentivava o apreço pela cultura, sendo responsável pela instalação da primeira tipografia na cidade, a Corte de Lisboa, porém, sempre receosa das ideias subversivas que a expansão da cultura poderia propagar na colônia, onde se esforçava por manter a ignorância, mandou que fosse destruída a oficina e queimados os seus maquinismos.
Foi em seu governo que, por provisão real, de 1757, a Câmara do Rio de Janeiro recebeu o titulo e as prerrogativas de Senado da Câmara que conservou até à proclamação da Independência quando, pela Constituição do Império, passou a ser Ilustríssima Câmara Municipal.
Em reconhecimento dos relevantes serviços prestados, foi Gomes Freire de Andrada, em 1758, agraciado com o titulo de Conde de Bobadela.
Em fins de 1762, ao perder território para os espanhóis ficou indignado e desgostoso, achando-se enfermo, suas doenças se agravaram subitamente, vindo a falecer em 1º de janeiro de 1763.